In Wyhlen bestehen alle Schularten des dreigliedrigen Schulsystems. Auf dem Lise-Meitner-Gymnasium kann das Abitur abgelegt werden. Auf dem gleichen Gelände in der Kantstraße besteht auch eine Realschule. Daneben gibt es mit der Lindenschule eine Grund- und Hauptschule.

Für die Kleinsten gibt es einen kommunalen, einen evangelischen und einen katholischen Kindergarten.

Im Schulzentrum Wyhlen ist auch eine Außenstelle der Musikschule Rheinfelden (Baden) untergebracht.